Профессор Махоней 2020-2021 оқу жылында «Дінтану» мамандығының 2 курс студенттеріне «Діндердің пайда болуы теориялары» курсынан сабақ берді, сонымен қатар бірқатар халықаралық ғылыми іс-шараларға қатысып, ҚазҰУ журналдарында ғылыми мақалалар жариялады. Джонатан Махонейдің зерттеу саласы: дін және толеранттылық, қазіргі философия тарихы, этика, халықаралық білім. Ол халықаралық рецензияланған журналдарда дін, болмыс, саясат және діни бостандық, зайырлылық, адам құқықтары және т.б. Ол келесі халықаралық жобалардың иегері: Халықаралық Фулбрайт гранты (Қырғызстан Республикасы, 2018-2019, 2014-2015 ж.), Білім саласындағы халықаралық сыйлық (2016 ж.), Халықаралық бірлескен оқу гранты (KSU): курс үшін бірлескен оқытуды құру. Қырғызстан және Канзас мемлекеттік университетінде курс (2016 ж. жазы), Орталық Азиядағы саясатқа арналған конференцияға АҚШ елшілігінің гранты (Түрік Мана университеті, 2015 ж. маусымы) және т.б. Алдағы жарияланымдар: «Үйлену тойлары және мұсылмандар: діни бостандық және Американдық заң тәжірибесіндегі саясат», «Плюрализм және толеранттылық». Жүзей М., Сайлаубекқызы А. (2017-2020 оқу жылы) «6D020600-Дінтану» мамандығының докторанттарына ғылыми кеңесші болды.