1940-1947 жылдар Қазақ мемлекеттік университетінің тарихындағы ең қиын жылдар болды. Ұлы Отан соғысы жылдарында қысқартылған бағдарламаларға көшуге тура келді. Ең алдымен, майдан үшін – мейірбикелер, дәрігерлер, радист-операторлар, рентгенологтар, аудармашылар және басқа да мамандар дайындау қажет болды.

Соғыс өте ауыр сын болды, бірақ университеттің бүкіл ұжымы бұл сыннан абыроймен өтті. Еліміздің басына түскен ауыртпалыққа қарамастан университет жұмысын бір сәт тоқтатқан емес.

Университеттен фронтқа 287 оқытушылар мен студенттер кеткен болатын. Майданға кеткен оқытушылар мен студенттердің көбісі оралмады. Университеттің оқытушылары мен студенттері Ұлы Отан соғысының майданында ерлікпен шайқасты. Ерлігі мен қаһармандығы үшін білім ордасының білімгерлері мен қызметкерлері ордендермен және медальдармен марапатталды. Ал университет түлегі Александр Поповқа Кеңес Одағының Батыры атағы берілді.

Сол соғыс жылдары ҚазМУ-ға Ресейдің, Украинаның, Белоруссияның үздік ғылыми-зерттеу институттары және зертханалары орналастырылды. Сондай-ақ, бұл үдерістің оң жағы да болды. Жетекші ғылыми мектептерді басқаратын академиктер және көрнекті ғылым докторлары келді. Зерттеулер ауқымы кеңейді.

Университетте атақты ғалымдар мен академиктер И.И. Мещанинов, Н.С. Акулов, корреспондент мүшелері АН СССР В.А. Догель, А.В. Думанский, профессорлар А. Михлин, М.А. Розенбсрг, Н. Пакуль жұмыс істей бастады. Мәселен, химия факультетінде көптеген техникалық мекеме мен әскери бөлімшелердің кеңес беру орталығы болған әскери химияның ғылыми мектебі дамыды.

Сондай-ақ, осынау күрделі кезеңде астрономия, физика, тарих, тіл білімі бойынша Қазақстандық ғылыми мектептер негізі қаланды. Сұрапыл соғыстан соң факультеттердің саны артты, аспирантураға қабылдау саны өсті. Жаңа оқу ғимараттар салынып, биостанса, биологиялық мұражай құрылды. ҚазМУ республиканың экономика және қоғамдық-саяси өмірінің барлық саласына білікті кадрлар дайындайтын жетекші орталыққа айналды.

Соғыстан кейінгі жылдары университеттің материалдық-техникалық, интеллектуалды базасы жақсарды. Факультеттер саны және аспирантураға түсушілер артты. Орталық ЖОО-лармен және ҒЗИ-мен байланыс нығая түсті. Жаңа ғимараттар салынып, биологиялық музей ашылды. ҚазМУ-дың қоғамдық-саяси мәртебесі көтеріліп, 1943-1944 оқу жылында бірінші санаттағы жоғары оқу орнына айналды. Ол кезде университетте 44 профессор, ғылым докторлары және 22 ғылым кандидаттары жұмыс істеді. Соғыс аяқталғаннан кейін, студенттер контингенті өсті. Университетте 1946 жылы 977 білім алушы болды. 5 факультетте және 27 кафедрада 14 мамандық бойынша мамандар даярланды.