C 1940 - 1947 ступень становления Казахского государственного университета пришлась на грозовые военные годы и послевоенное восстановление экономики и социальной инфраструктуры страны.

Война наложила свой отпечаток на деятельность КазГУ. Пришлось переходить на сокращённые программы и активно готовить специалистов для фронта – медицинских сестёр, врачей, радистов-операторов, рентгенологов, переводчиков, специалистов химической службы и других.

Из университета ушли на фронт 287 преподавателей и студентов, многие из которых не вернулись. За мужество и отвагу целый ряд воспитанников и сотрудников университета был награжден орденами и медалями, а выпускник А.Г.Попов удостоен звания Героя Советского Союза.

В первые годы войны сложилась очень трудная обстановка для работы университета. В Алма-Ату прибывали эвакуированные учреждения, организации, вузы, НИИ. Университету не хватало аудиторий, оборудования, в его корпусах были размещены Украинский институт астрономии и физики, Украинский физико-технический институт, спектрографическая лаборатория МАИ, белковая лаборатория АН СССР и другие организации.

Но этот процесс имел и положительную сторону. За счет притока квалифицированных научных сил из Москвы, Киева, Ленинграда и других городов и научных центров усилился профессорско-преподавательский и исследовательский состав КазГУ. В эти годы в университете стали работать такие крупные ученые, как академики И.И. Мещанинов, Н.С. Акулов, члены-корреспонденты АН СССР В.А. Догель, А.В. Думанский, профессоры А. Михлин, М.А. Розенбсрг, Н. Пакуль и другие.

Тем самым были созданы благоприятные условия как для повышения качества обучения студентов, так и для развертывания новых направлений научно-исследовательской работы, формирования научных школ союзного, а затем и мирового уровня. Расширился фронт исследований, в частности, на химическом факультете была сформирована научная школа военной химии, которая стала центром консультаций многих технических учреждений и воинских частей. Эти же годы стали стартовыми для формирования казахстанских научных школ в области астрономии, физики, истории, языкознания и в других сферах исследований.

В научной работе участвовало подавляющее большинство профессоров и преподавателей, что повысило общий уровень исследований и их роль в жизни коллектива и подготовке студенчества. Можно сказать, что именно в годы войны были заложены основы для последующего становления КазГУ тем, что в сегодняшней мировой терминологии именуется «исследовательским университетом» - высшей категорией вузов, подготовка специалистов в которых неразрывно связана с самыми передовыми научными исследованиями и разработками. В итоге поднялся и общественно-политический статус КазГУ, который в 1943/1944 учебном году был отнесен к первой категории вузов. В это время в университете работали 44 профессора - доктора наук и 22 кандидата наук.

Послевоенное восстановление и дальнейшее хозяйственное строительство страны обеспечили укрепление материально-технической и интеллектуальной базы университета. Росли число факультетов и набор в аспирантуру, укреплялись связи с центральными вузами и НИИ, строились новые корпуса, были организованы биостанция, биологический музей. КазГУ уверенно занял место ведущего центра в решении острейшей проблемы подготовки квалифицированных кадров для всех отраслей экономики и общественно-политической жизни республики. С окончанием войны увеличился и контингент студентов. Так, в 1946 году в университете насчитывалось 977 обучающихся, на 5 факультетах университета и 27 кафедрах готовились специалисты по 14 специальностям.