Еліміздің басынан талай қиыншылықтар өтсе де, университет әрқашанда әлемдегі өзгерістерге тез бейімделуге, білім беруде ең соңғы жаңашылдықтарды білім беру үдерісіне енгізуге тырысады. 2003 жылдың 16 қыркүйегінде Болонья (Италия) қаласында Қазақ Ұлттық Университеті университеттердің Ұлы хартиясына қол қойды. Сонымен қатар, Қазақстан және Орта Азия мемлекеттерінің ЖОО-лары арасынан алғашқы болып европалық білім беру кеңістігіне кірді.

2006 жылы әл-Фараби атындағы ҚазҰУ ерекше мәртебесі бар Қазақстанның жетекші классикалық университеті, жоғары кәсіби, жоғары оқу орнынан кейінгі білім мен ғылымды инновациялық дамытудың ұлттық көшбасшысы, еліміздің жоғары оқу орындары арасындағы бірінші Қазақстан Республикасы Президентінің «Сапа саласындағы жетістіктері үшін» сыйлығының иегері.

Ғылыми мектептердің қызметі мен бағыттары кеңейе бастады. Жастарға дәрісті атақты ғалымдар мен педагогтар оқыды. Іргелі және қолданбалы математика, механика, химия, тарих, түркiтану саласындағы ғылыми мектептердің көбі әлемге таныла бастады.