В итоге этих крайне сложных в жизни нашей страны лет университет еще раз подтвердил свою мобильность, соответствие времени и лидерские позиции, прокладывая путь к новой системе подготовки кадров для всех вузов республики. 16 сентября 2003 года в городе Болонья (Италия) Казахский Национальный университет подписал Великую Хартию Университетов. Тем самым он первым среди вузов Казахстана и государств Центральной Азии вошел в европейское образовательное пространство.

В 2006 году университет первым в истории государства стал Лауреатом премии Президента Республики Казахстан за достижения в области качества, что стало важным событием в жизни КазНУ и высочайшей оценкой его вклада в подготовку кадров и развитие всей системы высшего образования страны.

Продолжилось становление и расширение масштабов деятельности научных школ и направлений, во главе которых стоят выдающиеся ученые и организаторы науки, известные педагоги и наставники молодежи. Многие из этих школ приобрели мировую известность, в частности, в области фундаментальной и прикладной математики, механики, химии, истории, тюркологии и других областях фундаментальной и прикладной науки.