Осы мақсаттарды іске асыру үшін институттың міндеттері келесі:

-экология және сыртқы ортаны қорғау саласында іргелі және қолданбалы зерттеулерді орындау;

- жаңа техниканы, экологиялық технологиялар мен материалдарды жасау;

- ғылыми-техникалық бағдарламаларды және жобаларды өндеуде және жобалауда қатысу;

-жоғары дәрежелі маман ғылыми кадрлерді және мамандарды дайындауда жәрдем беру;

- институтта орындалып жатқан ғылыми-зерттеулерге ғылыми-техникалық және технико-экономикалық экспертиза жасауды ұйымдастыру;

экономикалық экспертиза жасауды ұйымдастыру

Институттың негізгі ғылыми бағыттары болып келесі өндеулер мен еңгізулер саналады:

- Қазақстан Республикасындағы қазіргі экологиялық жағдайлардағы биогеоресурстарды басқару принциптерін, адамның экологиялық қауыпсыздығын қамтамасыз ету;

- қоршаған ортаны зерттеу теориясы мен әдістерін;

-Қазақстанның антропогенді бұзылған аймақтарына экологиялық-экономикалық бағалаудыҢ критерияларың, экологиялық экспертизаны;

- тұрақты дамудың және техногенды бұзылған экожүйелерді қалпына келтірудің ғылыми негіздерін;

- ресурстарды сақтау және экологиялық таза технологияларын;

- экологиялық білім берудің инновациялық әдістерін;

- ресурстарды сақтау және экологиялық таза технологияларын;

- экологиялық білім берудің инновациялық әдістерін;

- Қазақстан Республикасындағы қазіргі экологиялық жағдайлардағы биогеоресурстарды басқару принциптерін, адамның экологиялық қауыпсыздығын қамтамасыз ету;

- қоршаған ортаны зерттеу теориясы мен әдістерін;

- Қазақстанның антропогенді бұзылған аймақтарына экологиялық-экономикалық бағалаудыҢ критерияларың, экологиялық экспертизаны;

- тұрақты дамудың және техногенды бұзылған экожүйелерді қалпына келтірудің ғылыми негіздерін;

- ресурстарды сақтау және экологиялық таза технологияларын;

- экологиялық білім берудің инновациялық әдістерін;

-ғылыми зерттеулердің ғылыми-қүқықтық, технико-экономикалық пен ақпараттық негіздерін және табиғатты рационалды пайдалану мен экожүйелерді қалпына келтіруге қатысты нормалық актілерді жасау;

- жоғары дәрежедегі эколог-мамандарды дайындауға және қайта дайындауға қажетті ғылыми-техникалық және материалдық базаны қамтамасыз ету.

- ғылыми өндеулердің патенттік тазалығын қамтамасыз ету;

-ғылыми зерттеулердің ғылыми-құқықтық, технико-экономикалық пен ақпараттық негіздерін және табиғатты рационалды пайдалану мен экожүйелерді қалпына келтіруге қатысты нормалық актілерді жасау;

- жоғары дәрежедегі эколог-мамандарды дайындауға және қайта дайындауға қажетті ғылыми-техникалық және материалдық базаны қамтамасыз ету.

-ғылыми өндеулердің патенттік тазалығын қамтамасыз ету.