Первым директором института был доктор биологических наук, профессор А.Б. Бигалиев - известный казахстанский ученый генетик и эколог, руководивший институтом с 1993 по 2000 годы. Современную направленность исследований институт получил благодаря научно-организационной деятельности доктора биологических наук, профессора Т.М. Шалахметовой, руководившей институтом с 2000 по 2008 годы. В настоящее время руководителем института является кандидат биологических наук А.М. Калимагамбетов.

А.Б. Бигалиевд.б.н., профессор	Т.М. Шалахметова д.б.н., профессор	А.М. Калимагамбетов к.б.н., доцент

Деятельность НИИ ПЭ направлена на планирование, организацию и обеспечение научных исследований в области экологии и охраны окружающей среды, подготовку высококвалифицированных научных кадров, разработку и внедрение результатов исследований в соответствующие отрасли производства и учебный процесс биологического, химического и географического факультетов, что будет содействовать подъему и стабилизации экономики Республики Казахстан.

Задачами НИИ ПЭ являются:

• проведение фундаментальных и прикладных исследований в области экологии и охраны окружающей среды;
• разработка экологически чистых технологий и материалов;
• участие в проектировании и разработке научно-технических программ и проектов, планов научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ;
• содействие в подготовке высококвалифицированных научных кадров и специалистов;
• организация научно-технической и технико-экономической эксперти­зы проводимых научных исследований в лабораториях НИИ ПЭ и обеспечения патентной чистоты науч­ных разработок.

Структура НИИ ПЭ включает аппарат управления и научно-исследовательские лаборатории. Коллегиальным органом института является Научно-технический совет, который рассматривает актуальные проблемы развития науки и внутренней жизни института, отчеты научно-исследовательских работ.

В НИИ проблем экологии в настоящее время работают 74 сотрудника, в основном по совместительству, из них 12 докторов наук, 38 кандидатов наук, 2 доктора философии, 15 специалистов без ученой степени, 2 Ph.D. докторанта, 11 магистрантов, 10 бакалавров.

Основными научными направлениями института являются разработка и внедрение:

• принципов управления биогеоресурсами в современных экологических условиях в Республике Казахстан, обеспечение экологической безопасности человека;
• теории и методов изучения окружающей среды;
• критериев эколого-экономической оценки антропогенно нарушенных территорий Казахстана, экологическая экспертиза;
• научных основ устойчивого развития и восстановления техногенно нарушенных экосистем;
• ресурсосберегающих и экологически чистых технологий;
• инновационных методов экологического образования;
• создание научно-правовой, технико-экономической и информационной базы для научных исследований и разработки нормативных актов рационального природопользования и восстановления экосистем;
• обеспечение научно-технической и материальной базы для подготовки и переподготовки высококвалифицированных специалистов-экологов различного профиля.

За период с 1994 г. по настоящее время коллектив института активно участвует в реализации различных научных программ:

• 1994-1997 гг. - выполнение проектов по программе ФН МОН РК «Разработка научных основ восстановления экосистем территории Казахстана на основе экологически чистых ресурсосберегающих технологий и обоснование принципов рационального природопользования».
• 1997-1999 гг. - выполнение проектов по программе ФН МОН РК «Разработка принципов прогнозирования и оценки качества природной среды антропогенно нарушенных территорий Казахстана».
• 2000 г. - координация экологической тематики, представленной учеными КазГУ им. аль-Фараби для участия в конкурсе USAID совместно с координатором университета Мериленд (США) по проекту «Окружающая среда и энергетика в Центрально-Азиатских странах».
• 2000-2006 гг. - выполнение проектов Республиканских научно-технических программ.
• 2006-2008 гг. - НИИ проблем экологии являлся головной организацией по подпрограмме «Изучение влияния ксенобиотиков на жизнедеятельность микроорганизмов, растений и животных для разработки новых методов биоиндикации и биоремедиации нарушенных экосистем» Программы фундаментальных исследований МОН РК «Биологические основы создания наукоемких технологий для здравоохранения, сельского хозяйства и охраны окружающей среды».
• 2006-2008 гг. - выполнение проектов по программе «Разработка современных технологий для формирования кластера по биотехнологии в Республике Казахстан на 2006-2008 годы» НЦБ МОН РК.
• 2007-2009 гг. - выполнение проектов по программе «Международное сотрудничество в области науки» МОН РК.
• 2008-2009 гг. - выполнение международного проекта ООН: «Kazakhstan: A Country Profile on Sustainable Energy Development».
• 2008-2010 гг. - выполнение проекта по программе «Пополнение, изучение и поддержание коллекции растений, животных, микроорганизмов и уникальных генетических банков для сохранения биоразнообразия Казахстана на 2008-2009 годы» ЦБИ МОН РК.
• 2009-2011 гг. - выполнение проектов по программе фундаментальных исследований в области биологических и медицинских наук и в области наук о Земле, финансируемых ФН МОН РК.

НИИ проблем экологии проводит научные конференции, научно-практические семинары, где обсуждаются актуальные проблемы экологии и охраны окружающей среды:

• 2000 г. - Международная научно-практическая конференция «Реальность и перспективы устойчивого развития экосистем Аральского региона» при спонсорской поддержке представительства ИНТАС в Казахстане.
• 2001 г. - Международный семинар «Ядерные методы и технологии для индустрии, медицины и сельского хозяйства» совместно с Институтом ядерной физики НЯЦ РК.
• 2004 г. - Международная научно-практическая конференция «Перспективы устойчивого развития экосистем Прикаспийского региона» при спонсорской поддержке «КазТрансГаз», в которой приняли участие ученые Ирана, России, Кыргызстана, Узбекистана.
• 2007 г. - Обучающий семинар (WORKSHOP) для работников нефтегазовой отрасли «Устойчивое развитие экосистем Прикаспийского региона».
• 2008 г. - Объединенный научно-практический семинар НИИ проблем экологии и НИИ проблем биологии и биотехнологии КазНУ им. аль-Фараби «Разработки в области экологической биотехнологии в Казахском национальном университете им. аль-Фараби».
• 2009 г. - III международный конгресс молодых ученых и студентов «Мир науки», 28-29 апреля 2009 г., в котором приняли участие молодые ученые, аспиранты, магистры и бакалавры вузов Казахстана, России и Кыргызстана.
• 2009 г. - Международная конференция «Биоразнообразие и устойчивое развитие природы и общества», посвященная 75-летию Казахского национального университета им. аль-Фараби, 12-13 апреля 2009 г., в которой приняли участие ученые из России, Узбекистана, Кыргызстана, различных регионов Казахстана.

Результаты проводимых исследований публикуются в академических, республиканских и зарубежных изданиях с высоким импакт-фактором. Со дня основания института опубликовано более 600 статей, 11 монографий, более 1000 тезисов международных и республиканских конференций и симпозиумов. Кроме того, научные результаты активно внедряются в учебный процесс, при написании учебных программ, силлабусов, разработке лабораторных заданий. На материально-технической базе лабораторий института выполняются выпускные работы, магистерские и докторские диссертации, практически все необходимые для учебного процесса химреактивы закупаются на средства от НИР. Институтом издается журнал «Вестник КазНУ. Серия экологическая». Благодаря высокому уровню представляемых к публикации научных статей экологической направленности, а также личной активности научного редактора профессора А.Б. Бигалиева, журнал был включен в список изданий, рекомендованных Комитетом по контролю в сфере образования и науки МОН РК по биологическим наукам.

Большой вклад в развитие отечественной экологической науки, подготовку специалистов-экологов, формированию экологического мировоззрения у студентов и школьников вносят ученые института, в числе которых: академик НАН РК М.Х. Шигаева, профессора А.Б. Бигалиев, Надиров Ш.М., А.А. Жубанова, С.Т. Нуртазин, Т.М. Шалахметова, Т.А. Карпенюк, Б.К. Заядан, С.С. Айдосова, Т.Д. Мукашева, К.А. Сапаров, А.А. Нуржанова, С.Р. Ердавлетов, В.С. Чередниченко, доценты К.К. Богуспаев, С.А. Джокебаева, С.Ж. Колумбаева, З.М. Бияшева, А.В. Гончарова, Н.Ж. Омирбекова, Г.С. Конуспаева и др.

В период 2006-2008 гг. НИИ ПЭ являлся головной организацией по подпрограмме «Изучение влияния ксенобиотиков на жизнедеятельность микроорганизмов, растений и животных для разработки новых методов биоиндикации и биоремедиации нарушенных экосистем» Программы фундаментальных исследований МОН РК «Биологические основы создания наукоемких технологий для здравоохранения, сельского хозяйства и охраны окружающей среды», в рамках которой выполнялось 14 проектов.В реализации подпрограммы участвовало 8 организаций: ДГП «НИИ проблем экологии» РГП «Казахский национальный университет им. аль-Фараби», ДГП «Институт микробиологии и вирусологии» РГП «Центр биологических исследований МОН РК», РГП «Национальный центр биотехнологии РК» МОН РК, РГП «Казахский национальный аграрный университет», РГП «Западно-Казахстанский государственный университет им. М.Утемисова», РГП «Южно-Казахстанский государственный университет им. М.Ауэзова», РГП «Казахский национальный технический университет им.К.Сатпаева», АО «Биомедпрепарат-инжиниринговый центр».

В 2004-2007 годах выполнен международный проект ECO-NET (Министерство иностранных дел Франции, научные руководители Т.М.Шалахметова и Э.Бланшо), в результате которого состоялись 3 международные экспедиции на Арнасайские водоемы, изучен гидрохимический режим водоемов, кормовая база в разные периоды и сезоны года, количественный и качественный состав ихтиофауны, морфологические исследования рыб, сделаны выводы о современном состоянии водоемов и их обитателей в связи со сбросом вод р. Шардара.

В 2009 г. НИИ ПЭ по открытому конкурсу выиграл 14 проектов по программе фундаментальных исследований в области биологических и медицинских наук (12 проектов) и в области наук о Земле (2 проекта) МОН РК на 2009-2011 гг.

В НИИ ПЭ наряду с фундаментальными исследованиями реализуются инновационные проекты. Результатом интенсивных научных изысканий ученых стали разработки по:

• созданию биопрепаратов на основе штаммов микроорганизмов для очистки почв с высоким уровнем загрязнения нефтью. Разработанные препараты прошли полевые испытания на замазученных почвогрунтах Алматинского локомотивного депо. Степень очистки почв от мазута и дизельного топлива составила 95% (руководители - академик НАН РК, д.б.н., профессор М.Х.Шигаева, д.б.н. Т.Ж. Мукашева);
• созданию биопрепаратов из микроводорослей, обладающих рост-стимилирующей активностью, которые прошли испытание на полях ТОО «Агрофирма» Енбекшиказахского района. Предобработка препаратами семян озимой пшеницы, сои, огурцов и томатов перед посевом способствовала повышению морозо- и засухоустойчивости, существенному повышению урожайности культур от 50 до 80% (руководитель - к.б.н., доцент С.А. Джокебаева);
• технологии биологической очистки коммунально-бытовых, промышленных и сельскохозяйственных сточных вод на основе использования микроводорослей. Испытания на очистных сооружениях города Алматы показали высокую эффективность данного способа (95%). Достоинством данной технологии является то, что она позволяет получать дешевую биомассу, богатую белками, углеводами и витаминами, которая может применяться в качестве биологически активной кормовой добавки в животноводстве (руководитель - д.б.н., профессор Б.К. Заядан);
• переработке органической фракции твердых бытовых отходов на основе использования дождевых червей и сообществ микроорганизмов. Данная технология позволяет получать из органических отходов двух видов хозяйственно полезных продуктов - высокогумусированного органического удобрения (биогумуса) и белково-витаминной кормовой добавки из биомассы дождевых червей (руководитель - к.б.н. К.К. Богуспаев).

НИИ проблем экологии в разные годы активно сотрудничал и продолжает сотрудничать с научными центрами и институтами ближнего и дальнего зарубежья: Институт цитологии РАН (г. Санкт-Петербург, Россия), Институт общей генетики РАН (г. Москва, Россия), Санкт-Петербургский университет, Астраханский технический университет (Россия), Мидлсекский университет (Великобритания), Институт экологии моря (Дания), Эссенский университет (Германия), Бредфордский университет (Великобритания), Гиляндский университет (Иран), Хебревский университет (Израиль), Университет им. Пьера и Мари Кюри (Франция), Техасский университет (США) и др.

В будущем НИИ ПЭ планирует расширение научных исследований в области экологической биотехнологии, нанобиотехнологии, направленных на разработку методических подходов оценки состояния окружающей среды, подверженных техногенному загрязнению, способов защиты и восстановления антропогенно нарушенных экосистем, сохранению биоразнообразия, улучшению здоровья населения.