Кафедра информационных систем фактически берет свое начало от кафедры "Математическое обеспечение ЭВМ" со специализацией "МО ЭВМ", открытой в 1973 году. Первым заведующим был доктор физико-математических наук К.А. Касымов. После него кафедрой заведовал доктор физико-математических наук, профессор М.М.Телемтаев.
В 1989 году открыта новая кафедра "ЭВМ и кибернетика" со специализациями "МО ЭВМ" и "Математическая кибернетика". Заведующим кафедрой стал доктор физико-математических наук, доцент Т.Н.Бияров.
С 2003 года заведует кафедрой доктор технических наук, профессор У.А.Тукеев. Тогда же кафедра математической кибернетики и информационных систем была переименована в кафедру "Информационные системы".
С 14 апреля 2011 года заведует кафедрой Мутанов Галимкаир Мутанович – доктор технических наук, профессор, действительный член Международной инженерной академии, Международной академии наук высшей школы, Международной экономической академии Евразии, Международной академии творчества, Международной кадровой академии. Заслуженный деятель науки и техники Республики Казахстан.
Кафедра готовит специалистов в области информационных систем, осуществляет набор на специальность 5B070300 - Информационные системы (бакалавриат); специальность 6N070300 - Информационные системы (магистратура); специальность 6D070300 - Информационные системы (PhD-докторантура).
Программы подготовки гармонизированы с международными рекомендуемыми учебными планами ACM.
В числе преподавателей кафедры «Информационные системы» 12 докторов и кандидатов наук. Преподаватели кафедры являются крупными специалистами РК в области информационных систем и технологий.
Выпускники кафедры могут работать как экономисты, преподаватели, программисты-разработчики, менеджеры, администраторы сетей и баз данных практически в любой организации, включая банки, страховые компании, коммерческие организации, научно-исследовательские организации, учебные заведения.
Программа подготовки специалистов на кафедре осуществляется по специализациям:
