КазНУ им.аль-Фараби является признанным лидером среди вузов РК в подготовке научных кадров высшей квалификации – докторов PhD. Первые экспериментальные программы докторантуры PhD были разработаны в университете в 2005 году совместно с учеными из ведущих зарубежных университетов. На сегодняшний день в подготовке докторантов PhD КазНУ задействовано 123 зарубежных ученых из 118 университетов двадцати шести стран.

Систему подготовки научных кадров в докторантуре PhD КазНУ им. аль-Фараби характеризует:

–         ориентация на подготовку специалиста для будущих активных научных исследований, педагогической и экспертной деятельности; диссертационное исследование докторанта PhD является свидетельством сформированности профессиональной компетентности научного работника;

–         акцент на подготовке специалистов для отраслей науки, производства и социально-экономической сферы, имеющих приоритетное значение для развития республики;

–         акцент на обеспеченности образовательного процесса информационными и материально-техническими ресурсами, необходимыми для качественного проведения научно-исследовательской работы, в том числе за счет организации научных исследований докторантов PhD в рамках более крупных исследовательских проектов по программам фундаментальных и прикладных научных исследований, совместных научно-исследовательских проектов по грантам международных организаций (МАГАТЭ, НАТО, МНТЦ) и др.;

–         уникальность образовательных докторских программ, таких как биоинформатика, химическая инженерия, плазмохимия и ряд других, рассчитанных на подготовку специалистов, которых в настоящее время не готовит ни один другой вуз Казахстана;

–         высокие требования к уровню владения иностранным языком у обучающихся докторантуры, обеспечивающие возможность свободного общения с зарубежным научным руководителем, написание научных статьей для опубликования в зарубежных изданиях, представление тезисов и выступление на международных конференциях.

Докторанты PhD КазНУ в ходе работы над диссертационными исследованиями проходят обязательную научную стажировку у зарубежных научных руководителей из ведущих научно-образовательных центров Австрии, Великобритании, США, Франции, Италии, Японии, Нидерландов, Германии, Испании, Израиля, Швейцарии, Финляндии, Швеции, Норвегии, Китая и России. 

В рамках программы подготовки докторов PhD финансируется участие обучающихся докторантуры в авторитетных международных научных конференциях и симпозиумах, публикация научных статей в международных научных журналах. Результаты научных исследований докторантов КазНУ уже опубликованы в таких авторитетных зарубежных научных изданиях как «Physical Review», «Gravitation and Cosmology», «Journal of Phys. A: Mathematical and Theoretical», «Nanotechnology», «International Journal of Psychology», «International Journal of Agricultural Research» и др.

В 2009 году университетом был впервые осуществлен выпуск 3-х казахстанских докторов PhD – иностранных граждан.