Координацию научной деятельности на факультете осуществляет Научно-исследовательский институт механики и математики (НИИ ММ) при КазНУ.Научная работа проводится на 10 кафедрах и 5 лабораториях НИИ ММ по различным направлениям фундаментальных и прикладных исследований. Студенты активно участвуют в научной деятельности и общественной жизни факультета, привлекаются для выполнения научных проектов в НИИ ММ.