Именно в эти годы Первым Президентом страны Нурсултаном Абишевичем Назарбаевым была выдвинута Стратегия «Казахстан – 2030», и республика через тяжелейший этап структурной ломки и экономического кризиса прорвалась в число современных стран с огромным авторитетом на мировой арене и возможностями нового социально-экономического рывка в будущее.

Важнейшей вехой в развитии университета в данный период стал выбор нового пути. Главным фактором здесь являлось становление Республики Казахстан как равноправного члена мирового сообщества, и в этих условиях выбор мог быть только одним – последовательное продвижение в мировую образовательную систему, переход на международные стандарты подготовки специалистов. Начал существенно изменяться и статус университета. С 1991 года он стал носить имя великого мыслителя Абу Насыр ибн аль-Фараби.