Научная деятельность факультета охватывает широкий спектр тем по всем актуальным вопросам истории Казахстана, всемирной истории, историографии и источниковедения, археологи, этнологии. Научные исследования тесно связаны с основными направлениями обозначенных в государственных программах и в послании Президента Республики Н.Назарбаева. 

На факультете продолжают свою работу три научно-исследовательских центра, которые были созданы в 2013 году во исполнения Протокола расширенного заседания Межведомственной рабочей группы по изучению национальной истории под председательством Государственного секретаря РК М.М.Тажина и на основании решения Ученого Совета КазНУ им.аль-Фараби.

1)  Республиканский научно-исследовательский центр по изучению традиционных цивилизации Центральной Азии. Директором центра является известный ученый, занимающийся исследованием истории древнетюркских племен, профессор Омарбеков Талас Омарбекович. Целью центра является разработка научных проблем традиционных цивилизации Центральной Азии на основе историко-сравнительного анализа и новых методологических подходов в контексте критической переоценки познания в мировой историографии.

2)  Республиканский научно-исследовательский центр по изучению всемирной истории. Директором центра является доктор исторических наук, профессор Почетный профессор Геттингенского университета (Германия), академик Жумагулов Калкаман Турсынович Целью Центра является развитие мировой истории на основе современных методологических парадигм и инструментариев, также показ роли и место тюркского мира и Казахстана во всемирно-историческом процессе.

3)  Международная лаборотория  «Геоархеология». Руководитель лабаратории кандидат исторических наук, доцент Бексеитов Галымжан. Целью лабаратории является исполтзование многообразия методов естественно научных дисциплин при изучении и датировке археологических памятников и артефактов на территории Казахстана и Центральной Азии через призму мировой истории на основе современных методологических парадигм и инструментов.    

Кроме этого, примерами наиболее эффективной научно-исследовательской работы отдельных преподавателей служит выигранный грант МОН РК по фундаментальным проектам. За 2016 г. факультет реализовал 10 научно-исследовательских проекта, на общую сумму – 45 197 459 млн.

В целом, научно-исследовательская деятельность профессорско-преподавательского состава осуществлялась по следующим приоритетным направлениям:

• Научные фундаментальные и прикладные исследования по плановым и инициативным темам;
• Научно-организационная работа по проведению конференции на факультете и участие преподавательского состава в конференциях, организованных и проводимых вне университета и за рубежом;
• Развитие научных связей с вузами республики, а также научными центрами и учебными заведениями ближнего и дальнего зарубежья;
• активация участия ППС в программах грантового и программно-целевого государственного бюджетного финансирования, хоздоговорных проектах.
•  развитие  международного сотрудничества с ведущими зарубежными научными центрами и университетами с целью участия ППС в международных проектах;

Повышение качества проводимых научных исследований и активизировать  работу по публикации результатов исследований в журналах с ненулевым импакт-фактором и входящих в базу данных агентств Thompson Reuters и Scopus.