НАО «КазНУ имени аль-Фараби» является признанным лидером среди вузов Республики Казахстан в подготовке научных кадров высшей квалификации - докторов философии (PhD). Университет один из первых среди вузов Центральной Азии присоединился к Великой Хартии университетов и полностью перешел на современную трехступенчатую систему подготовки кадров «бакалавриат-магистратура-докторантура PhD».

Первые экспериментальные программы докторантуры PhD были разработаны в университете в 2005 году совместно с учеными из ведущих зарубежных университетов. На сегодняшний день в подготовке докторов PhD НАО «КазНУ имени аль-Фараби» успешно сотрудничает более с 600 крупнейшими уни­верситетами мира, является членом Международной, Европейской и Евразий­ской Ассоциаций университетов и задействованы зарубежные ученые более чем из 100 университетов стран Европы, Северной Америки и Азии.

Образовательные программы докторантуры НАО «КазНУ имени аль-Фараби» реализуются по научно-педагогическому направлению подготовки и обеспечивают углубленную специализированную профессиональную подготовку, позволяющую выпускникам впоследствии успешно заниматься научной, педагогической, управленческой и экспертной деятельностью.

Обучение в докторантуре КазНУ предполагает активную исследовательскую работу, участие в научных проектах университета под руководством ведущих специалистов в приоритетных областях науки и практики.

Реализация образовательных программ докторантуры осуществляется университетом в тесном сотрудничестве с ведущими зарубежными организациями образования и науки.

Наличие двух научных консультантов (отечественного и зарубежного) позволяет обеспечить докторанту фундаментальную подготовку в выбранной области, а также возможность использования в своих научных исследованиях новейшие разработки в области науки.

В рамках программы подготовки докторов PhD финансируется участие обучающихся докторантуры в авторитетных международных научных конференциях и симпозиумах, публикация научных статей в международных научных журналах. Результаты научных исследований докторантов КазНУ уже опубликованы в таких авторитетных зарубежных научных изданиях как «Physical Review», «Gravitation and Cosmology», «Journal of Phys. A: Mathematical and Theoretical», «Nanotechnology», «International Journal of Psychology», «International Journal of Agricultural Research» и др.

Обучение ведется на казахском, русском и английском языке. Университет организует образовательный процесс в докторантуре таким образом, чтобы обеспечить каждому обучающемуся максимально благоприятные условия для освоения всех дисциплин образовательной программы и получения обучающимися (по завершению обучения) ученой степени доктора философии (PhD) в полном соответствии с требованиями Закона «Об образовании», ГОСО и других нормативных документов.

В настоящее время НАО «КазНУ имени аль-Фараби» имеет право осуществлять подготовку докторов философии (PhD) по 142 образовательным программам. НАО «КазНУ имени аль-Фараби» представляет наиболее широкий и полный перечень образовательных программ докторантуры в Республике Казахстан.