Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ құрылымында 67 кафедра қызмет ететін 16 факультет енетін ғылыми-білім беру кластерінен; 8 жаратылыстану-ғылыми және техникалық бейіндегі ғылыми-зерттеу институттарынан; Ғылыми-технологиялық паркінен; Ашық нанотехнологиялық ұлттық зертханадан; 5 институттан және 17 әлеуметтік-гуманитарлық бағыттағы ғылыми орталықтардан тұрады.
Университетті басқару Қазақстан Республикасының заңнамасына және Университет жарғысына сәйкес командалық және алқалық біртұтастық қағидаттарына сәйкес жүзеге асырылады.
Университеттің алқалық басқарудың жоғары формалары Ғылыми кеңес, бақылау кеңесі, ғылыми (ғылыми-әдістемелік) кеңес, студенттік сенат және ақсақалдар кеңесі болып табылады.
Университеттің қызметін тікелей басқаруды Қазақстан Республикасының қолданыстағы заңнамасына сәйкес қызметке тағайындалатын және қызметтен босатылатын ректор, сондай-ақ келесі бағыттар бойынша жетекші проректорлар жүзеге асырады:

• бірінші проректор;
• ғылыми және инновациялық қызмет жөніндегі проректор;
• оқу ісі жөніндегі проректор;
• ғылым және білім интеграциясы жөніндегі проректор;
• әлеуметтік даму жөніндегі проректор;
• әкімшілік жұмыс жөніндегі проректор;
• коммерцияландыру жөніндегі проректор.

Университет ректоры ҚазҰУ атынан әрекет етеді, барлық органдарда оның мүдделерін қорғайды, студенттерді даярлау сапасын, жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім берудің мемлекеттік жалпыға міндетті стандарттарының талаптарына сәйкес келуін қамтамасыз етеді, қаржылық тәртіптің талаптарын, қызметкерлер мен студенттердің еңбек құқықтарын сақтауды қамтамасыз етеді.
Университет ректоры мен проректоры Қазақстан Республикасының заңнамасында белгіленген тәртіппен аттестатталады.
Университет ректоры жыл сайын басқару органдарына және көпшілікке университеттің стратегиялық даму жоспары туралы есеп береді.
ҚазҰУ оқытушылар құрамы, кафедралар мен факультеттердің қызметін бағалаудың индикативті жоспарлау және рейтингтік жүйесіне негізделген нәтижеге бағдарланған басқару жүйесін енгізді. Индикативті жоспарлау төрт қызметтің индикаторлық көрсеткіштерін қамтиды: оқу-әдістемелік жұмыс; университеттің ғылыми-зерттеу және инновациялық қызметін дамыту; Университеттің халықаралық ғылыми және білім беру кеңістігіне енуі; тәрбие жұмысы және әлеуметтік даму.