Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ ғылыми-инновациялық инфрақұрылымн ҒЗЖ нәтижелерін апробациялайтын, жас мамандарды даярлайтын кафедралар мен ғылыми-зерттеу зертханаларының басым бағыттары бойынша ғылыми зерттеулер жүргізілетін құрылымдық бөлімшелер құрайды. әл-Фараби атындағы ҚазҰУ тиімді ғылыми қызметін университеттің инновациялық инфрақұрылым субъектілерінің іргелі және қолданбалы зерттеулер мен зерттемелерді, ғылыми-білімдік орталықтарды іске асыру үдерісінің тығыз бірігуі қамтамасыз етеді

Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ Қазақстанда және шетелде танылған көпсалалы ғылыми-зерттеу кластері бар және оны Ғылым және инновациялық қызмет жөніндегі департаменті үйлестіреді, ал оның қызметін:

Ғылыми-зерттеу институттары мен орталықтар (жаратылыстану-техникалық саласындағы):

• 16 факультет, 66 кафедра;
• 11 Еншілес мемлекеттік кәсіпорындар ҒЗИ және жаратылыстану ғылыми бағытындағы инженерлік профилді зертхана

Ғылыми-зерттеу институттары мен орталықтар (жаратылыстану-техникалық саладағы):

• Математика және механика ҒЗИ;
• Жаңа химиялық технологиялар және материалдар ҒЗИ;
• Эксперименттік және теориялық физика ҒЗИ;
• Биология және Биотехнология Мәселелері ҒЗИ;
• Экология мәселелері ҒЗИ;
• Физика химиялық зерттеу және талдау орталығы;
• Жану мәселелері институты;
• Ашық түрдегі ұлттық нанотехнологиялық зертхана;
• Технопарк;
• Инженерлік профилді зертхана.

Ғылыми-зерттеу институттары мен орталықтар (әлеуметтік-гуманитарлық саладағы):

• Мемлекет және құқық институты;
• Абай институты;
• Халықаралық қыпшақтану институты;
• Арабтану орталығы;
• Корейтану орталығы;
• А.М. Оразбаев атындағы археология және этнология орталығы;
• Көне түркі жазба ескерткіштерінің оқу-зерттеу орталығы;
• НАТО жөніндегі ресурстық және ақпараттық орталығы;
• Еуропалық Ақпараттық Орталық;
• Американ және Демократиялық Зерттеулердің Ресурс Орталығы;
• Әл-Фараби орталығы;
• Этнопедагогика және этнопсихология орталығы;
• Әлеуметтік зерттеу және әлеуметтік инжиниринг орталығы;
• Білімдік зерттеулердің ғылыми-инновациялық орталығы;
• Қылмыстылықпен күрес мәселелері жөніндегі орталығы;
• Табиғи ресурстар және экологиялық қауіпсіздік орталығы;
• Экономикалық зерттеулер oрталығы.

Студенттер мен жас ғалымдардың ғылыми-инновациялық қызметіне ерекше көңіл бөлінеді. әл-Фараби атындағы ҚазҰУ студенттік өзін-өзі басқару нысанында:

• 135 ғылыми үйірмелер;
• 14 студенттік бизнес-инкубатор;
• Университеттің зияткерлік клубы бар.

Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ ғылыми инфрақұрылымының стратегиялық мақсаты ғылым, білім және өндірісті біріктіру негізінде әлеуметтік-гуманитарлық орта мен экономика саласын инновациялық дамыту үшін мамандарды қалыптастыру болып табылады.

Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ соңғы 10 жылда әлемдік деңгейдегі ғылыми нәтиже алуға және зерттеуге, бірегей сараптамалар жүргізе алатаын заманауи зертханалық база құрылған.