Алғашқы атауы саяси экономия болған экономикалық теория кафедрасы Университетттің алғашқы құрылған кафедралар қатарына кіреді. Ол 1934 жылдың қыркүйек айында құрылған. 1992 жылы саяси экономия кафедраларының гуманитарлық және жаратылыстану факультетінің кафедралары біріктіріліп, «Экономикалық теория» кафедрасы деп атауы өзгертілді. Оның басшысы экономика ғылымдарының докторы, профессор, ҚР ҰҒА Академигі Әубәкіров Яхия Әубәкірұлы болды. 2002 жылдың қырқүйегінен бастап 2009 жылға дейін кафедраны экономика ғылымдарының докторы, профессор Тулегенова Мадина Сәкенқызы басқарды. 2009 жылдың қыркүйек айынан бастап, қайта құруға дейін – кафедра меңгерушісі ретінде экономика ғылымдарының докторы, профессор Әубәкірова Жанар Яхияқызы жұмыс жасады.

Алғашқы атауы «Макро-микроэкономика және математикалық әдістер» кафедрасы болған «Макро-микроэкономика» кафедрасы 1995 жылыдың қаңтар айында құрылды. 2004 жылдан бастап макро-микроэкономика кафедрасы ретінде жұмыс жасады. Кафедраның құрылған уақытынан қайта құрылуына дейін, аздаған үзілістермен экономика ғылымдарының докторы, профессор Мухамедиев Болат Минтаевич кафедра меңгерушісі қызметін атқарды. 2008 жылдың қыркүйегінен 2009 жылдың ақпанына дейін кафедраны экономика ғылымдарының докторы, профессор Спанкулова Ляззат Сейтказиевна басқарды.

Қайта құру (трансформация) бағдарламасы шегінде әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-нің «Экономикалық теория» және «Макро-микроэкономика» кафедралары «Экономика» кафедрасы болып қайта құрылды. Жаңа кафедра өз жұмысын 2011-2012 оқу жылынан бастады. Ашық дауысқа салу негізінде кафедра меңгерушісі болып экономика ғылымдарының докторы, профессор Мухамедиев Болат Минтаевич сайланды. 2014 жылдың қыркүек айынан бастап кафедрасы меңгерушісі, экономика ғылымдарының кандидаты, доцент Садыханова Гульнара Амангелдиевна болды.

Экономика кафедрасы 5В050600, 6М050600, 6D050600 – Экономика және 6М011500 – Экономика және құқық негіздері мамандықтары бойынша бакалавр, магистр, PhD докторларды дайындайды. 2009 жылдан бастап ТМД және ШЫҰ Желілік университеті аясында Ресей халықтар достастығы университетімен бірігіп 6М050600 – Экономика (ҚазҰУ) мамандығы бойынша магистрлерді дайындау қос дипломды бағдарламасы жүзеге асырылуда. 2014 жылдан бастап Ғылым Ордасымен бірігу аясында Қазақстан Республикасы Ғылым және білім министрлігі Ғылым комитетінің Экономика институты бірлесіп 6М050600 – Экономика, 6D050600 – Экономика бағдарламалары бойынша магистрлер мен PhD докторларды дайындайды.