КазНУ им.аль-Фараби представляет собой современный научно-образовательный кластер, в структуру которого входят 16 факультетов, на которых функционирует 67 кафедры; 8 научно-исследовательских институтов естественнонаучного и технического профиля; Научно-технологический парк; Национальная нанотехнологическая лаборатория открытого типа; 5 институтов и 17 научных центров социально-гуманитарного профиля.
Управление вузом осуществляется в соответствии с законодательством Республики Казахстан и Уставом университета на принципах единоначалия и коллегиальности.
Высшими формами коллегиального управления университета являются Ученый совет, Наблюдательный совет, Академический (научно-методический) совет, Студенческий Сенат и Совет Старейшин.
Непосредственное руководство деятельностью университета осуществляет ректор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности в соответствии с действующим законодательством Республики Казахстан, а также курирующие проректора по направлениям:

• первый проректор;
• проректор на научно-инновационной деятельности;
• проректор по учебной работе;
• проректор по интеграции науки и образования;
• проректор по социальному развитию;
• проректор по административно-хозяйственной работе;
• проректор по коммерциализации.

Ректор университета действует от имени КазНУ, представляет его интересы во всех органах, обеспечивает качество подготовки обучающихся, соблюдение требований государственных общеобязательных стандартов высшего и послевузовского образования, обеспечивает соблюдение требований финансовой дисциплины, трудовых прав сотрудников и обучающихся.
Ректор и проректора университета проходят аттестацию в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан.
Ректор университета ежегодно отчитывается по стратегическому плану развития вуза перед органами управления и широкой общественностью.
В КазНУ внедрена система управления, ориентированная на результат, базирующаяся на индикативном планировании и рейтинговой системе оценки деятельности профессорско-преподавательского состава, кафедр и факультетов. Индикативное планирование включает показатели-индикаторы по четырем направлениям деятельности: учебно-методическая работа; развитие научно-исследовательской и инновационной деятельности университета; интеграция университета в международное научное и образовательное пространство; воспитательная работа и социальное развитие.