Учебный процесс полностью реализуется в соответствии с Академической политикой КазНУ и всеми регламентирующими образовательную деятельность нормативными документами:

• утверждаются основные учебные планы магистратуры и докторантуры отдельно для НИИ согласно образовательным программам;
• составляется контингент, учебные группы, базы данных вводятся в систему «Универ», индивидуальные папки обучающихся собираются в ЦПО;
• формируется штат научных сотрудников НИИ, привлекаемых к реализации образовательных программ, распределяются педагогические нагрузки, заводятся по соответствующим кафедрам и факультетам КазНУ, вводятся данные о ППС НИИ в систему «Универ»;
• утверждаются темы диссертационных исследований, научные руководители магистрантов, отечественные и зарубежные консультанты докторантов на заседаниях Ученых советов НИИ в соответствии с внутренним регламентом КазНУ. Итоговый приказ об утверждении выходит за подписью ректора КазНУ;
• подписывается Договор о возмездном оказании образовательных услуг – трехсторонний между КазНУ, НИИ и докторантом, обязывающий докторанта по завершении отработать в НИИ 3 года;
• учебный год на программах проводится с полным объемом выполнения учебных планов, научно-исследовательских работ магистрантов и докторантов, экзаменацион­ными сессиями, научными стажировками обучающихся и т.д.;
• подписывается Меморандум – Трехстороннее соглашение с зарубежными консультантами докторантов, составляется график их визита для чтения лекций и проведения консультаций. На 2016 год запланированы 7 визитов (Внесены на рассмотрение о финансировании руководству КазНУ);
• занятия проводятся в специально выделенных для проведения занятий аудиторий в «Ғылым ордасы», а также используются все возможности комплекса для дополнительных форм обучения, самостоятельных работ, проведения различных научных и общественных мероприятий, консультаций ученых, научных семинаров.

Интеграция в области научно-исследовательской деятельности наиболее эффективная с точки зрения «ощутимости» ее результатов. Ученые НИИ являются участниками различных научных форумов в Университете, руководят диссертациями магистрантов и докторантов КазНУ (помимо контингента проекта), входят в составы Диссертационных советов при Университете и т.д. Это существенно облегчает взаимообмен результатами НИР, вовлечению обучающихся молодых людей в самые современные исследования. Ряд ведущих, широко известных в стране и за рубежом ученых из НИИ ведут свои собственные научные семинары на факультетах КазНУ (например, имеющий достаточно большую историю научный семинар академика Т.Ш. Кальменова на Мехмате КазНУ).