Кафедра экономической теории, которая изначально носила название - кафедра политической экономии, являлась одной из первых кафедр Университета. Она была создана в сентябре 1934 года. В 1992 году кафедры политической экономии гуманитарных и естественных факультетов были объединены и переименованы в кафедру экономической теории, во главе которой стал доктор экономических наук, профессор, Академик НАН РК Аубакиров Яхия Аубакирович. С сентября 2002 по 2009 годы кафедру возглавляла доктор экономических наук, профессор Тулегенова Мадина Сакеновна. С сентября 2009 года до момента реорганизации - заведующей была доктор экономических наук, профессор Аубакирова Жанар Яхияевна.

Кафедра макро-микроэкономики была создана в январе 1995 года и первоначально называлась кафедра макро-микроэкономики и математических методов, впоследствии переименована в кафедру моделирования экономических процессов, с 2004 года функционировала как кафедра макро-микроэкономики. Заведующим кафедрой с момента основания до момента реорганизации с небольшим перерывом был доктор экономических наук, профессор Мухамедиев Булат Минтаевич. С сентября 2008 по февраль 2009 кафедрой руководила доктор экономических наук, профессор Спанкулова Ляззат Сейтказиевна.

В рамках программы трансформации КазНУ им. аль-Фараби в исследовательский университет две кафедры: «Экономическая теория» и «Макро-микроэкономики» были реорганизованы в кафедру «Экономика». Новая кафедра начала свою деятельность с 2011 - 2012 учебного года. Заведующим кафедрой по результатам открыто проведенного конкурса был избран доктор экономических наук, профессор Мухамедиев Булат Минтаевич. С сентября 2014 года кафедрой руководит кандидат экономических наук, доцент Садыханова Гульнара Амангелдиевна.

Кафедра экономики обеспечивает подготовку бакалавров, магистров и докторов PhD по специальностям 5В050600, 6М050600, 6D050600 – Экономика, 6М011500 – Основы права и экономики. С 2009 года успешно осуществляется программа двудипломной подготовки магистров по специальности 6М050600 – Экономика (КазНУ) совместно с Российским университетом дружбы народов в рамках Сетевого университета СНГ и ШОС. С 2014 года в рамках интеграции с Ғылым Ордасы осуществляется подготовка магистров и докторов PhD по программам 6М050600 – Экономика, 6D050600 – Экономика совместно с Институтом экономики Комитета науки Министерства образования и науки Республики Казахстан.