2001 жылы «Органикалық заттар және материалдардың химиялық технологиясы» мамандығы енгізілді, ал 2002 жылдан студенттерді даярлау 7 мамандық бойынша жүрді: химия (магистратура), химия өндірісінің негізгі процестері және химиялық кибернетика, бейорганикалық заттардың химиялық технологиясы, химиялық электротехнология және плазмохимия, жарылғыш заттар және пиротехникалық нәрселердің химиялық технологиясы, химиялық, криминалистикалық және экологиялық экспертиза.
2002 жылдың қыркүйегінен магистратурада кредиттік жүйе енгізілді, бұл жүйе мұғалімдерге оқитын пәндерді белгілі талаптар бойынша қайта қарастыруды, ақпараттылығын және сапасын жақсартуды талап етті.
Барлық курстар бойынша құрлымды-логикалық жүйелер жасалып, студенттердің дайындалу деңгейіне (магистратура) қарай пәндердің өзара байланысы қарастырылды, оқу-әдістемелік кешен құжаттары жасалды.
