МКМ мамандығы 2002 жылы құрылды. Бұл мамандықты қалыптастыру үшін академик, ҚР ғылым, білім және техника саласындағы мемлекеттік премияның лауреаты Б.Т.Жұмағұлов ҚР ғалымы, профессоры У.С.Абдибековпен бірге Оксфорд, Кембридж, МГУ және т.б. көшбасшы университеттердің оқу жоспарлары базасымен МКМ үшін пәндердің тізімдерін жасады. 2013 жылы кафедра халықаралық тәжірибеге бітірушілер мен интеграцияның сәйкестігіне толық қолы жетті. Оқу бағдарламасы 3 траектория бойынша оқуды қарастырады- математикалық моделдеу, есептеу математикасы және жоғарыөнімді есептеу, компьютерлік моделдеу.

2002-2010 жж. кафедра меңгерушісінің орынбасары қызметін физика-математика ғылымының докторы, ҚР ҒИА корреспондент мүшесі, профессор Әбдібеков Уалихан Сейділдаұлы атқарды.

2010-2011 жж. кафедра меңгерушісінің орынбасары қызметін физика-математика ғылымының кандидаты, доцент Тұнғатаров Нұрмат Нұрғазыұлы атқарды.

2011-2012 жж. кафедра меңгерушiсiнің орынбасары қызметін физика-математика ғылымының докторы, профессор Мұқанова Балғайша Ғафурқызы атқарды.

2013ж. бастап кафедра меңгерушiсiнің орынбасары қызметін атқарушы лауазымынадоцент,доктор PhD Жакебаев Даурен Бақытбекұлы тағайындалды.

Кафедра математикалық және компьютерлік моделдеу бағыты бойынша жоғарғы білікті маман тәрбиелеуде зор үлес қосып, мақсатты PhD докторларды даярлап, әр өңірден келетін біліктілігін арттыру курсын өтуге құштар мамандарды қабылдайды. Өз кезегінде түрлі күрделі ғылыми нәтижелер алынған, жоғарғы өнімді есептеулер жүргізу орталығының аясында кафедраның мамандары үздіксіз жобаны жүзеге асыру барысында белсенді түрде қызмет жасауда. Әр түрлі өңірлерден келетін мұғалімдерді математикалық моделдеу және жоғарғы өнімді есептеулер бойынша даярлау жұмыстары жоспарлануда. Аталған жобаны жетілдірудің келесі сатысы программалау, параллельдік программалау және математикалық моделдеу пәндерінен on-line режимде пәндік олимпиаданың өткізілуі болып табылады. Тәрбие жұмыстарының аясында студенттер арасында рухани-этикалық, құқықтық, эстетикалық ой-өрістерін байытып, дамыту, өз-өзін ортада ұстай білу мәнерін дағдыландыру мақсатында куратор-эдвайзерлер мектебі, әр апта сайын түрлі кездесулер, дөңгелек үстелдер, кураторлық сағаттар және тағы да басқа іс-шаралар өткізіліп тұрады.