Факультеттің ғылыми қызметінің негізгі бағыттары Қазақстан тарихы, Дүние жүзі тарихы, тарихнама және деректану, археология және этнология салаларының өзекті мәселелерін зерттеуге бағытталған.   Негізгі ғылыми зерттеу жұмыстары мемлекеттік бағдарламалар мен ҚР Президенті Н.А. Назарбаевтың Қазақстан халқына Жолдауын басшылыққа ала отырып жүргізіледі.

Факультетте 2013 жылы 5 маусымда Мемлекеттік хатшы А.М. Тәжиннің басшылығымен өткен ведомствоаралық кеңесінің шешімін орындау аясында және әл-Фараби атындағы ҚазҰУ-дың Ғылыми кеңесі шешімі негізінде құрылған үш ғылыми-зерттеу орталықтары жұмыс жасайды.

1)  Орталық Азиядағы дәстүрлі өркениеттерді зерделеудің республикалық ғылыми-зерттеу орталығы. Орталық директоры көне түркі тайпалары тарихын зерттеуші көрнекті ғалым, тарих ғылымдарының докторы, профессор Омарбеков Талас Омарбекұлы. 

2)  Дүние жүзі тарихын зерттеудің республикалық ғылыми-зерттеу орталығы. Орталық директоры тарих ғылымдарының докторы, профессор, Гете университетінің (Германия) Құрметті профессоры, академик Жұмағұлов Қалқаман Тұрсынұлы.

3)  «Геоархеология» халықаралық лабороториясы. Жетекшісі тарих ғылымдарының кандидаты, доцент Бексеитов Ғалымжан Тұқымбайұлы. 

Сонымен қатар,  факультеттің жекелеген профессор-оқытушылары ҚР жәнеҒМ-нің қаржыландырумен іргелі ғылыми жобалармен жұмыс жасайды. 2016 ж. факультет бойынша 10 ғылыми-зерттеу жобасы жүзеге асырылып, 45 197 459 млн. теңге көлеміндегі қаржы игерілді.

Жалпы, факультеттің профессор-оқытушылық құрамының негізгі зерттеу қызметі төмендегідей бағыттарды қамтиды:

• Жоспарлы және жеке тақырыптарға арналған іргелі ғылыми және қолданбалы тақырыптар;
• Факультет деңгейінде ғылыми конференциялар ұйымдасытру және университет деңгейіндегі, алыс-жақын шетелдердегі конференциялар жұмысына қатысу;
• Республика жоғары оқу орындарымен, ғылыми орталықтарымен, алыс-жақын шетелдік ғылыми орталықтармен байланыстар орнату;
• Мемлекеттік гранттар мен мемлекеттік қаржыландырулардағы бағдарламалық-мақсатты бағдарламаларға қатысу;
• Шетелдік жетекші жоғары оқу орындарымен, ғылыми орталықтармен ғылыми байланысты арттыру;

Қолға алынған ғылыми жобалардың сапасын арттыру, Thompson Reuters және Scopus базасына енген жоғары рейтингті журналдарда ғылыми мақалалар жариялау.